Struktur Organisasi Pemerintahan Nusantara Raya dipimpin oleh Kepala Daerah dibantu oleh Sekretariat Daerah, Asisten Administrasi, Badan Perencanaan Pembangunan, Inspektorat, serta jajaran Dinas Teknis Pengelola Pelayanan Publik.
Setiap Organisasi Perangkat Daerah (OPD) mengemban tugas pokok dan fungsi (Tupoksi) yang terintegrasi untuk memberikan pelayanan prima secara cepat, mudah, dan transparan bagi seluruh lapisan warga.
